O clube de basquete da escola ginasial Teiko, é uma super equipe com mais de 100 alunos e vencedora de três campeonatos consecutivos. Em meio a esse brilhante histórico houve uma equipe invencível na qual cinco gênios se reuniram, apesar de dizerem que nasce apenas um a cada 10 anos, que ficou conhecida como a "Geração dos Milagres". Porém um estranho boato rodava sobre essa equipe. Havia um jogador desconhecido, um que não tinha histórico em jogo algum. E apesar disso, ele chamou a atenção dos cincos gênios. Ele ficou conhecido como O sexto jogador fantasma.
Agora, já no colegial, os membros da "Geração dos Milagres" se separaram e foram para escolas diferentes. Kuroko, que acaba de se matricular na pequena, e recém formada, Seirin. Lá ele acaba encontrando Kagami Taiga, um jogador com um talento natural, e juntos decidem derrotar todos os antigos membros da "Geração dos Milagres" e fazer de Seirin a melhor equipe do Japão.